排毒餐易使人发胖。哈佛大学医学院提醒，大部分排毒餐的热量很低，刚开始食用会觉得体重减轻，但低热量饮食降低人体新陈代谢率，当开始恢复吃正常餐点时，很容易发胖。
哈佛妇女健康杂志指出，排毒餐、足底排毒贴片、盐水足浴，均无实质排毒的科学根据，而排毒餐往往热量过低，不足以维持正常代谢。另如足底排毒贴片宣称可以从足底吸附毒素，泡添加盐或电解质的热水也被宣称可以促进身体排除废物，但这些在医学上皆不成立。
宣称有助排毒的方法往往吸引重视养生者的目光，但正常排泄就是自然的「排毒」。而所谓促进废物排除的食物，多数有温和利尿、帮助肠胃蠕动的效果。
身体本身就有排毒的功能，肝是人体最大的解毒器官，而身体的废物、毒素也可由肝、肾、肺、皮肤等器官，透过尿液、粪便、呼吸等方式排出体外，只要身体的机能正常，身体不需要透过食物或外力，就能解毒。
均衡饮食、正常作息、适度的运动，良好的饮食及生活习惯，才是保健的根本之道。均衡的饮食，代表六大类食物都要吃，新鲜天然的食物只有份量多寡的考虑，没有任何一类食物不需要食用。
每一种食物都含有不同营养素，均衡摄取不同种类的食物才可以摄取到人体需要的不同营养素，而排毒餐往往太过极端，抵触均衡饮食的原则，长期使用可能有不良反应。
排毒餐虽然未必有实质效益，但也代表对垃圾食品或含复杂添加物食物的反思，民众对排毒餐的期望往往是对部分市售产品不满的投射。民众不妨减少摄取油炸及过度加工食品，降低可能有害的食物摄取，重视蔬菜、水果，开始吃得清淡，过重及高血压的情形自然能改善。但不需要追寻过度极端的饮食结构，若有疾病还是需寻求正规的医疗途径。
医师表示，常常吃高脂肪的饮食、过度饮酒、喝生冷饮料，导致身体代谢不正常，只要恢复正常饮食，废物的代谢可以改善。